[Mach .99]

Non puoi stampare un file STL
Un file stl é un file grafico, un file gcode é un file di istruzioni per una macchina a controllo numerico.

Qualsiasi slicer é un SW CAM che genera un gcode da dare in pasto ad una stampante partendo da un stl.
Quando generi la stampa in simplify praticamente fai un Gcode

P.s.
Se non altro hai lo stesso identico errore su X e Y, ottimo punto di partenza, segno che il problema dovrebbe essere sicuramente un valore di step/mm errato in partenza.
Se fai una stampa di 100x100 e ti viene fuori 125 sei a cavallo.