[gattodistrada]

quando generi il cam (Gcode) al programma devi dire dove si trova il tuo punto di origine altrimenti lo mette in una posizione di default (che potrebbe essere diversa dalla tua)

per accendere l'elettromandrino in quasi tutte le schede denominate brackout board c'e uno o due rele che si attivano in genere con il pin 10 (ma dipende dalla tua scheda) della porta parallela, che va settato in mach3 alla sezione
config
ports and pin
nella linguetta "output signal" dove c'e scritto output #1 setti il pin corrispondente e dai la spunta verde su enable per abilitare il comando.

ovviamente e' buona norma non caricare troppo di corrente il relè di bordo, ma e bene fargli attivare un teleruttore che a sua volta accenderà la fresa.
nella schermata che raggiungi tramite
config
homming/limits

devi impostare correttamente l'area di ingombro della tua cnc, ovvero il tuo piano di lavoro

personalmente non uso i limiti software, ma occorre essere sempre molto sicuri che il gcode creato sia corretto e entro i limiti.