Brutto ammetterlo, ma alla fine il problema era ancora nelle saldature dell'ATmega.
Toccandolo con il dito, a volte, manifestava il difetto.
Studiando meglio la situazione ho capito che il pin 56 (Throttle) a causa di una saldatura troppo "magra" a volte non faceva un contatto perfetto. Ho rifatto tutto il lato aggiungendo stagno e per il momento sembra andare bene.
Ciao ...e grazie