Di solito negli ATX la 3,3V viene derivata dalla 5V opportunamente ridotta da un apposito circuito.
Con questa modifica viene eliminato il controllo sulla 5V, trasferito sulla 12V, per cui la 5V resta libera di fluttuare, quindi non è più stabile e, di conseguenza, non lo è più nemmeno la 3,3V.
Il V.S. dovrebbe essere il Sense (a volte anche solo S), generalmente (quando presente) serve a regolare di fino la 3,3V che alimenta il processore; ma non so quanto questa possa essere regolata quando viene a mancare il feedback di base sulla 5V.
In ogni caso i collegamenti del Sense vanno mantenuti altrimenti l'ali potrebbe andare in blocco.
Circa la 24V non saprei dirti.
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