@davidea, credo di avere trovato il datasheet del chippino in questione:
http://www.cypress.com/?docID=42618
Se non erro, quei due pin dovrebbero essere general purpose I/O(p1.0 e p1.1) , a vedere le immagini, nella prima, anche se non so perchè sia sporco il segnale, sembrerebbe un clock o forse un altro tipo di segnale utilizzato anche dai simulatori. Nella seconda potrebbe essere un segnale PPM, ma non spiegherebbe il clock.
Quindi potrebbe essere anche un protocollo "bitbangato"...
Mi farebbe molto comodo il poter osservare quegli xml.
Il primo ed il secondo se visti assieme sembrerebbero:
il primo il clock, che rimane alto per tutta la lunghezza del segnale del secondo, per poi
tornare basso quando parte un nuovo segnale dal secondo. Non so se è solo una mia impressione data dalle immagini, ma mi sembra proprio che il primo diventi pulito mentre il secondo è basso..l'ideale sarebbe avere un dump del genere anche da una centralina che non binda! Così riusciamo a capire se è perchè si introduce un rumore o se è per via dell'oscillatore.
P.S.
Quei pin sono anche per l'ISSP...