Se descrive una traiettoria ellittica e l'albero gira senza particolari giochi tra i cuscinetti allora mi viene da pensare che l'albero sia deformato all'estremità superiore. Fossi in te, a questo punto, lo smonterei e proverei a fare la stessa prova che si fa per verificare lo spindle.
Altra ipotesi è un'eccessivo gioco cuscinetto albero...devi verificare però.