Così... a freddo...
il circuito che mostri , probabilmente si accende prima, perchè allo zener da 9,1 Volt devi sommare la VBE del transistor al quale è collegato quindi indicativamente 9,7-9,8V
Inoltre, a seconda delle correnti richieste dalle batterie, il led si deve accendere con tenisoni piu' basse, perchè sotto carico la tensione crolla abbastanza nelle Lipo... ed è facile arrivare a 2,7-2,8 V per cella a 5-6Amp, anche se ancora carica. Percio' l'allarme sarebbe prematuro sia per lo zener (vedi sopra) che per il concetto...
Dovresti fare prove pratiche, ma direi che ci vuole uno zener da 7,5V.
Se la batteria si scarica molto, la luminosità del led potrebbe scendere molto (dipende anche dal modello del LED) e quindi poco visibile, ma questo è oiu' una finitura che un problema pratico visto che, come precisi,
questo è adatto ad un solo tipo di batteria (3s).
Il circuito non lampeggia, ma vista la sua semplicità, non si può chiedere di più
Ciao!