A dire il vero non credo che ci possa essere una differenza a provare con lipo od altre batterie.
Il settaggio delle batterie viene fatto per avere la corretta impostazione di cutoff che varia in base alle tipo di celle usate.
Mentre per le Nicad e le NiMh solitamente il settaggio è intorno agli 0.8V, per le lipo il minimo consigliabile al di sotto del quale le celle diventano inservibili è 2.70-2.75V anche se è preferibile, per sicurezza, non scendere sotto i 3.0V.
Non tutti i regolatori purtroppo hanno la possibilità di settare il livello di cutoff ed in questo caso meglio atterrare quando si sente che il pacco cala di prestazioni.
In alcuni allestimenti, per i quali non ho la sicurezza del lite di cutoff di 3V, ho interposto un liposaver.
Per tornare al tuo quesito, se tu utilizzi un pacco NiXX, l'unica cosa che potrebbe succedere è che se ci smanetti a lungo il cuttoff impostato su lipo ti farà bloccare le prove al raggiungimento della tensione corrispondente alle lipo invece che alla più bassa delle NiXX.
Edit : tutto ciò se ho capito qualche cosa sui regolatori, ma se ho sbagliato chiedo di essere corretto.